生物物理所是中科院最早培养研究生的单位之一。1955年国家首次建立研究生培养制度后，研究所在1955-1977年这段期间先后招收了2批共6名研究生。1978年国家恢复研究生招生制度后，研究所先后被列为国务院首批博士和硕士学位授予单位、自行增列博士生导师试点单位，以及中科院博士生重点培养基地。国家恢复研究生招生制度后，首位生物学博士徐功巧(也是国内培养的第一位女博士)在生物物理所毕业并获得理学博士学位。研究所的学科设置包含了生物学、心理学和基础医学3个一级学科。设有生物化学与分子生物学、生物物理学、认知神经科学、神经生物学等共7个二级学科专业博士培养点。