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毕利军（客座）博士研究员博士生导师

中国科学院核酸生物学重点实验室，研究组长，副主任 中国科学院生物大分子卓越中心核心骨干人才 广东省珠江人才创新团队带头人 创新人才推进计划重点领域创新团队带头人

研究方向：结核病系统生物学与转化医学

电子邮件：blj@ibp.ac.cn

电话：010-64888464

通讯地址：北京市朝阳区大屯路15号（100101）

英文版个人网页：http://english.ibp.cas.cn/en_sourcedb_ibp/rck/EN_xsszmA_G/202005/t20200519_341425.html

简历：

　　1993 - 1997 河南技术师范学院食品科学专业，学士

　　1997 - 2000 沈阳农业大学食品微生物学专业，硕士

　　2000 - 2003 中国科学院武汉病毒所和沈阳生态所联合培养微生物学专业，博士

　　2003 - 2004 日本近畿大学蛋白质组学研究，博士后

　　2004 - 2008 中国科学院生物物理研究所，副研究员

　　2008 - 至今中国科学院生物物理研究所，研究员

　　2011（3-7）美国爱因斯坦医学院结核病中心，高级访问学者

获奖及荣誉：

　　2018年首届"最美防痨人"当选者

　　2017年全国创新争先奖获得者

　　2017年重点领域创新团队带头人

　　2016年中国防痨协会首届优秀科技工作者

　　2015年广东省珠江人才创新团队带头人

社会任职：

研究方向：

　　主要从事结核病系统生物学与转化医学相关研究，针对结核病检出率低、耐药严重、现有疫苗不理想等问题，第一个采用系统生物学和转化医学的全新视野和创新思维开展研究，取得一系列原始创新成果，做为项目/课题负责人先后承担了国家自然科学基金项目、中国科学院项目、国家重大传染病专项和973重大基础研究计划等项目近30项，在Nature Genetics，Cell Research，Cell Reports等刊物共发表 SCI 刊物 100余篇，申请专利50余项，并建立创新团队和研发基地，加速成果转化，其主要工作和进展：

1. 开展结核杆菌基因组与转录组学研究。收集中国12个省不同耐药型结核杆菌231株（临床分离株）进行规模化全基因组和转录组测序及数据分析，系统发现72个新的耐药相关基因和28个非编码区，鉴定了一批新的耐药标识物和新的药物靶标，为建立新型结核病耐药检测方法和药物研发提供重要依据（Nature Genetics，2013）。

2. 成功制备结核杆菌全蛋白组芯片。构建结核杆菌蛋白质表达库（包含4262个蛋白，覆盖率95%），制备了国际上首张基于纯化蛋白质的结核杆菌全蛋白质组芯片，该成果已在美国、英国和我国等多个国家使用。为结核病新型诊断试剂、疫苗和药物研发提供关键方法学基础。

3. 完成结核杆菌多个药物靶标的结构与功能研究，为药物设计和筛选提供依据：完成了结核杆菌喹诺酮类药物靶标的结构与功能系列研究（Nucleic Acids Research，2006，2009，2011，2013）；解析了新型药物靶标转肽酶和药物复合物的晶体结构，并设计和筛选了新的药物前体分子（Cell Research, 2013）。

4. 建立结核病系统生物医学资源和信息库：包含有结核病患者（血清、细胞和治疗信息）和病原实际样本和信息资料以及大量的组学数据。该库不仅包括数据信息而且包括实物库，拥有更多的信息量和更好的数据展示和分析功能。

5. 创建了结核病转化医学平台：组建研发团队200余人，建立试剂、仪器装备等多条生产线。开发了结核分枝杆菌检测试剂盒、结核分枝杆菌液体培养试剂盒和药敏试剂盒以及用于标本处理和检测的各种自动化仪器。

承担项目情况：

代表论著：

1. Wang Y, Li Z, Wu S, Fleming J, Li C, Zhu G, Chen B, Ren B, Wang X, Du B, Li P, Hu P, Yang J, Liu Y, Zhou C, Zhang XE,Bi L, Zhang H, Yang J, Zhang Z. Systematic Evaluation of Mycobacterium tuberculosis Proteins for Antigenic Properties Identifies Rv1485 and Rv1705c as Potential Protective Subunit Vaccine Candidates.Infect Immun. 2021 Feb 16;89(3):e00585-20.

2. Zhang S, Li T, Huo Y, Yang J, Fleming J, Shi M, Wang Y, Wei W, Gu S,Bi L*, Jiang T, Zhang H. Mycobacterium tuberculosis CRISPR/Cas system Csm1 holds clues to the evolutionary relationship between DNA polymerase and cyclase activity.Int J Biol Macromol. 2021 Feb 15;170:140-149.

3. Hu P, Zhang H, Fleming J, Zhu G, Zhang S, Wang Y, Liu F, Yi S, Chen Z, Chen Z, Liu B, Gong D, Wan L, Wang X, Tan Y, Bai L,Bi L*. Retrospective Analysis of False-Positive and Disputed Rifampin Resistance Xpert MTB/RIF Assay Results in Clinical Samples from a Referral Hospital in Hunan, China.J Clin Microbiol. 2019 Apr;57(4):e01707-18.

4. Wei W, Zhang S, Fleming J, Chen Y, Li Z, Fan S, Liu Y, Wang W, Wang T, Liu Y, Ren B, Wang M, Jiao J, Chen Y, Zhou Y, Zhou Y, Gu S, Zhang X, Wan L, Chen T, Zhou L, Chen Y, Zhang XE, Li C, Zhang H,Bi L*. Mycobacterium tuberculosis type III-A CRISPR/Cas system crRNA and its maturation have atypical features.FASEB J. 2019 Jan;33(1):1496-1509.

5. Gao YR, Li DF, Fleming J, Zhou YF, Liu Y, Deng JY, Zhou L, Zhou J, Zhu GF, Zhang XE, Wang DC,Bi LJ*. Structural analysis of the regulatory mechanism of MarR protein Rv2887 in M. tuberculosis.Sci Rep. 2017 Jul 25;7(1):6471.

6. Wang M, Fleming J, Li Z, Li C, Zhang H, Xue Y, Chen M, Zhang Z, Zhang XE,Bi L*. An automated approach for global identification of sRNA-encoding regions in RNA-Seq data from Mycobacterium tuberculosis.Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). 2016 Jun;48(6):544-53.

7. Gu S, Li W, Zhang H, Fleming J, Yang W, Wang S, Wei W, Zhou J, Zhu G, Deng J, Hou J, Zhou Y, Lin S, Zhang XE,Bi L*. The β2 clamp in the Mycobacterium tuberculosis DNA polymerase III αβ2ε replicase promotes polymerization and reduces exonuclease activity.Sci Rep. 2016 Jan 29;6:18418.

8. Zhang XL, Li DF, Fleming J, Wang LW, Zhou Y, Wang DC, Zhang XE,Bi LJ*. Core component EccB1 of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion system is a periplasmic ATPase.FASEB J. 2015 Dec;29(12):4804-14.

9. Deng J,Bi L, Zhou L, Guo SJ, Fleming J, Jiang HW, Zhou Y, Gu J, Zhong Q, Wang ZX, Liu Z, Deng RP, Gao J, Chen T, Li W, Wang JF, Wang X, Li H, Ge F, Zhu G, Zhang HN, Gu J, Wu FL, Zhang Z, Wang D, Hang H, Li Y, Cheng L, He X, Tao SC, Zhang XE. Mycobacterium tuberculosis proteome microarray for global studies of protein function and immunogenicity.Cell Rep. 2014 Dec 24;9(6):2317-29.

10. Zhang H, Li D, Zhao L, Fleming J, Lin N, Wang T, Liu Z, Li C, Galwey N, Deng J, Zhou Y, Zhu Y, Gao Y, Wang T, Wang S, Huang Y, Wang M, Zhong Q, Zhou L, Chen T, Zhou J, Yang R, Zhu G, Hang H, Zhang J, Li F, Wan K, Wang J, Zhang XE,Bi L*. Genome sequencing of 161 Mycobacterium tuberculosis isolates from China identifies genes and intergenic regions associated with drug resistance.Nat Genet. 2013 Oct;45(10):1255-60.

11. Li WJ, Li DF, Hu YL, Zhang XE,Bi LJ, Wang DC. Crystal structure of L,D-transpeptidase LdtMt2 in complex with meropenem reveals the mechanism of carbapenem against Mycobacterium tuberculosis.Cell Res. 2013 May;23(5):728-31.

12. Tao J, Han J, Wu H, Hu X, Deng J, Fleming J, Maxwell A,Bi L, Mi K. Mycobacterium fluoroquinolone resistance protein B, a novel small GTPase, is involved in the regulation of DNA gyrase and drug resistance.Nucleic Acids Res. 2013 Feb 1;41(4):2370-81.

（资料来源：毕利军研究员，2021-11-02）