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何顺民博士研究员博士生导师

中科院生物物理所，中国科学院核酸生物学重点实验室，研究组长 健康大数据研究中心，常务副主任，首席技术专家 中国科学院大学, 教授

研究方向：生物信息、非编码和表观遗传

电子邮件：heshunmin@ibp.ac.cn

电话：010-64887032

通讯地址：北京市朝阳区大屯路15号（100101）

英文版个人网页：http://english.ibp.cas.cn/en_sourcedb_ibp/rck/EN_xsszmH_K/202005/t20200519_341410.html

中国科学院大学个人主页：http://people.ucas.edu.cn/~heshunmin

简历：

　　1997 - 2001 南京理工大学，电子工程专业，学士

　　2001 - 2004 北京NEC电子有限公司，软件工程师

　　2004 - 2009 中国科学院生物物理研究所，生物信息学，硕博连读，博士

　　2009 - 2017 中国科学院动物研究所；先后担任副研究员，创新研究员岗位

　　研究方向：生物信息学、组学大数据整合分析和精准医学

　　2010 - 2011 哈佛大学Dana-farber癌症研究所&哈佛大学公共卫生学院，生物统计系，博士后

　　研究方向：癌症和表观遗传学

　　2016.4 - 2016.7　美国加州大学圣地亚哥分校，细胞与分子医学系，访问学者

　　2017 - 至今中国科学院生物物理研究所，研究员

　　健康大数据研究中心，常务副主任，首席技术专家

　　中国科学院大学，教授

获奖及荣誉：

社会任职：

研究方向：

1. 大规模人群队列的全基因组和多组学研究

　　围绕"女娲"中国人群基因组资源，第一阶段包含5000多例中国参考人群样本、超30X全基因组高深度测序数据，是已发表的唯一高深度测序中国参考人群全基因组队列。"女娲"基因组资源致力于构建并解析中国人群遗传变异图谱；开发基因组数据分析和变异解读算法和数据库（如变异鉴定解析、关联分析方法论等）；聚焦疾病队列研究、重大疾病的关联分析和精准医学研究。

　　目前进展：a）2021年首次发布中国人群SNP/Indel变异图谱和首个中国人群特异的大规模单倍型参考面板 (Cell Reports, 2021)，其中2500万变异为国际首次发现，被认为是对中国人群基因组数据分析最全面深入的研究。相关报道：徐涛/何顺民团队发布"女娲"基因组资源，提供中国人群遗传变异图谱和参考面板。b）2022年系统分析和挖掘了5675人的全基因组数据，发布全球人群移动元件变异图谱 (Nucleic Acids Research, 2022)，鉴定了3.6万变异，其中2/3为首次发现，是含中国人群数目最多的移动元件变异资源。相关报道："女娲"基因组计划第2篇|徐涛/何顺民团队发布中国人群可移动元件插入变异图谱。c）2023年系统分析和挖掘了6487人的全基因组数据，发布全球人群的微卫星（短串联重复）序列变异图谱 (Nature Communications, 2023)，鉴定了超过156万变异，其中1/3为首次发现，是含中国人群数目最多的微卫星变异资源。相关报道："女娲"基因组资源发布第三项成果：解析中国人群基因组微卫星变异图谱。

2. 非编码基因的系统鉴定、功能解析、相互作用和变异解读

　　人类基因组中97%左右的区域是非编码区域，大约80%的DNA序列能转录产生各种非编码RNA。非编码RNA种类繁多，功能各异，系统的鉴定非编码RNA和调控元件，解析非编码RNA的相互作用和功能，对非编码区变异进行注释和解读，一直以来都是非编码研究领域的核心和重点。

　　目前进展：a）聚焦复杂非编码区域功能解析，开发并维护着国际权威的非编码功能注释和解读知识库：聚焦长链非编码RNA的NONCODE数据库 (Nucleic Acids Res. 2020. DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1046)，聚焦piRNA的piRBase数据库 (Nucleic Acids Res. 2021. DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkab1012)和聚焦小蛋白的SmProt数据库 (GPB. 2021. DOI:https://doi.org/10.1016/j.gpb.2021.09.002)等；b) 围绕非编码RNA功能解析方面，开发了重复序列来源非编码RNA和染色质互作的系统分析方法，并首次发现一类重复序列来源的新型非编码RNA对维持异染色质功能的至关重要（Genome Research. 2020. DOI:https://doi.org/10.1101/gr.256131.119），聚焦RNA-DNA、RNA-RNA和RNA-Protein相互作用，开发NPInter功能解析数据库（Nucleic Acids Res. 2023. DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkac1002）。

3. 疾病相关的单细胞和多组学研究

　　基于单细胞多组学的肿瘤发生、发展、转移和临床应用研究。目前这方面的工作正在进展中。

团队招聘信息

　　"女娲"中国人群基因组项目团队正在招聘，欢迎有生物信息学、计算机、数学、统计、人工智能、生物技术或医学等专业背景，有志于中国人群队列研究和精准医学研究的优秀人才加入。具体招聘信息："女娲"中国人群基因组研究团队招聘启事。

承担项目情况：

代表论著：

最近5年的代表性论文

一共发表SCI论文50多篇，完整列表和更多信息参考ORCID

(^#第一/并列第一作者, * 通讯/共同通讯作者)

1. Yirong Shi^#, Yiwei Niu^#, Peng Zhang, Huaxia Luo, Shuai Liu, Sijia Zhang, Jiajia Wang, Yanyan Li, Xinyue Liu, Tingrui Song, Tao Xu*,Shunmin He*. (2023). Characterization of genome-wide STR variation in 6,487 human genomes.Nature Communication.

DOI:https://doi.org/10.1038/s41467-023-37690-8

2. Yu Zheng^#, Huaxia Luo^#, Xueyi Teng^#, Xinpei Hao, Xiaoyu Yan, Yiheng Tang, Wanyu Zhang, Yuanxin Wang, Peng Zhang, Yanyan Li, Yi Zhao, Runsheng Chen*,Shunmin He*. (2023). NPInter v5.0: ncRNA interaction database in a new era.Nucleic Acids Res.

DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkac1002

3. Yiwei Niu^#, Xueyi Teng^#, Honghong Zhou^#, Yirong Shi, Yanyan Li, Yiheng Tang, Peng Zhang, Huaxia Luo, Quan Kang, Tao Xu*,Shunmin He*. (2022). Characterizing mobile element insertions in 5675 genomes.Nucleic Acids Res.

DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkac128

4. Peng Zhang^#, Huaxia Luo^#, Yanyan Li^#, You Wang^#, Jiajia Wang^#, Yu Zheng^#, Yiwei Niu, Yirong Shi, Honghong Zhou, Tingrui Song, Quan Kang, Han100K Initiative; Tao Xu*,Shunmin He*.(2021). NyuWa Genome resource: A deep whole-genome sequencing-based variation profile and reference panel for the Chinese population.Cell Rep37, 110017.

DOI:https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.110017

5. Jiajia Wang^#, Yirong Shi^#, Honghong Zhou^#, Peng Zhang, Tingrui Song, Zhiye Ying, Haopeng Yu, Yanyan Li, Yi Zhao , Xiaoxi Zeng*,Shunmin He*, Runsheng Chen*.(2021). piRBase: integrating piRNA annotation in all aspects.Nucleic Acids Res.

DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkab1012

6. Yanyan Li^#, Honghong Zhou^#, Xiaomin Chen^#, Yu Zheng, Quan Kang, Di Hao, Lili Zhang, Tingrui Song, Huaxia Luo, Yajing Hao, Runsheng Chen*, Peng Zhang*,Shunmin He*.(2021). SmProt: A Reliable Repository with Comprehensive Annotation of Small Proteins Identified from Ribosome Profiling.Genomics Proteomics Bioinformatics.

DOI:https://doi.org/10.1016/j.gpb.2021.09.002

7. Ruibao Su^#, Li-Hua Fan^#, Changchang Cao^#, Lei Wang, Zongchang Du, Zhaokui Cai, Ying-Chun Ouyang, Yue Wang , Qian Zhou, Ligang Wu, Nan Zhang, Xiaoxiao Zhu, Wen-Long Lei, Hailian Zhao, Yong Tian,Shunmin He, Catherine C L Wong*, Qing-Yuan Sun*, Yuanchao Xue*.(2021). Global profiling of RNA-binding protein target sites by LACE-seq.Nat Cell Biol23, 664-675.

DOI:https://doi.org/10.1038/s41556-021-00696-9

8. CNCB-NGDC Members and Partners. (2021). Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2022.Nucleic Acids Res.

DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkab951

9. Yajing Hao^#, Dongpeng Wang^#, Shuheng Wu, Xiao Li, Changwei Shao, Peng Zhang, Jia-Yu Chen, Do-Hwan Lim, Xiang-Dong Fu*, Runsheng Chen*,Shunmin He*. (2020). Active retrotransposons help maintain pericentromeric heterochromatin required for faithful cell division.Genome Research.

DOI:https://doi.org/10.1101/gr.256131.119

10. Lianhe Zhao^#, Jiajia Wang^#, Yanyan Li^#,, Tingrui Song, Yang Wu, Shuangsang Fang, Dechao Bu, Hui Li, Liang Sun, Dong Pei, Yu Zheng, Jianqin Huang, Mingqing Xu, Runsheng Chen*, Yi Zhao*,Shunmin He*. (2020). NONCODEV6: an updated database dedicated to long non-coding RNA annotation in both animals and plants.Nucleic Acids Res.

DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1046

11. Zhaokui Cai^#, Changchang Cao^#, Lei Ji^#, Rong Ye, Di Wang, Cong Xia, Sui Wang, Zongchang Du, Naijing Hu, Xiaohua Yu, Juan Chen, Lei Wang, Xianguang Yang,Shunmin He, Yuanchao Xue*. (2020). RIC-seq for global in situ profiling of RNA-RNA spatial interactions.Nature.

DOI:https://doi.org/10.1038/s41586-020-2249-1

12. Xueye Teng^#, Xiaomin Chen^#, Hua Xue^#, Yiheng Tang, Peng Zhang, Quan Kang, Yajing Hao, Runsheng Chen*, Yi Zhao*,Shunmin He*. (2020). NPInter v4.0: An integrated database of ncRNA interactions.Nucleic Acids Res.

DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gkz969

13. Shunmin He^#, Guoqiang Zhang^#, Jiajia Wang^#, Yaji Gao^#, Ruidi sun, Zhijie Cao, Zhenping Chen, Xiudeng Zheng, Jiao Yuan, Yuewan Luo, Xiaona Wang, Wenxin Zhang, Peng Zhang, Yi Zhao, Chuan He, Yi Tao*, Qinmiao Sun*, Dahua Chen*. (2019). 6mA-DNA-binding factor Jumu controls maternal-to-zygotic transition upstream of Zelda.Nature Communication. 10(1). 2219.

DOI:https://doi.org/10.1038/s41467-019-10202-3

14. The RNAcentral Consortium. (2019). RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences.Nucleic Acids Res.

DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gky1034

15. Jiajia Wang^#, Peng Zhang^#, Yiping Lu^#, Yanyan Li, Yu Zheng, Yunchao Kan, Runsheng Chen*,Shunmin He*. (2019). piRBase: a comprehensive database of piRNA sequences.Nucleic Acids Res.

DOI:https://doi.org/10.1093/nar/gky1043

16. Liang Chen^#, Jia-Yu Chen^#, Yi-Jou Huang^#, Ying Gu, Jinsong Qiu, Hao Qian, Changwei Shao, Xuan Zhang, Jing Hu, Hairi Li,Shunmin He, Yu Zhou, Omar Abdel-Wahab, Dong-Er Zhang*, Xiang-Dong Fu*. (2018). The Augmented R-Loop Is a Unifying Mechanism for Myelodysplastic Syndromes Induced by High-Risk Splicing Factor Mutations.Molecular Cell. 69(3), 412-425

DOI:https://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.12.029

（资料来源：何顺民研究员，2023-06-07）