脑与认知科学国家重点实验室2005年经科技部批准建设，2007年通过验收并正式开放运行。

实验室围绕"认知的基本单元"、"学习和决择"、"意识的机制"认知科学重大科学问题，开展多进化层次、多认知层次、多学科层次的研究，取得了系统性、原创性的成果。实验室还开展了认知的分子神经机制及认知障碍的卓有成效的研究。实验室建设了以超高场强磁共振成像为核心、各种脑成像方法结合为特色的在世界上屈指可数的脑成像设施。实验室注重发挥认知科学对脑疾病研究不可替代的作用，开展多种精神和神经疾病的科学定义和行为模型、客观行为检测和诊断方法的创新研究。实验室提出研究新一代人工智能的核心基础科学问题：认知和计算的关系。实验室发起成立了全国一级学会"中国认知科学学会"。大大推动了脑与认知科学这门新兴的、具有重大社会应用意义的科学在我国的发展。在国家重点实验室评估中，两次获得"优秀"。